1878թ. հունիսի 13-ից մինչև հուլիսի 13-ը Բեռլինում անցկացվեց վեհաժողով, որի նախագահը Բիսմարկն էր: Վեհաժողովում Անգլիային և Ավստրո-Հունգարիային Գերմանիայի, Ֆրանսիայի և Իտալիայի աջակցությամբ հաջողվեց վերանայել Սան Ստեֆանոյի որոշումները, թուլացնել Ռուսաստանի դիրքերը և, ընդհակառակն, ուժեղացնել իրենց դիրքերը և ազդեցությունը Օսմանյան կայսրության վրա:
Վեհաժողովի որոշմամբ Ռուսաստանը Թուրքիային վերադարձրեց Ալաշկերտն իր հովտով և Բայազետը (Էրզրումը մինչ այդ էր վերադարձվել): Նրան թողնվեցին միայն Արդահանը, Կարսը, ինչպես նաև Բաթումը: Բեռլինի համաձայնագրում Հայկական հարցին էր նվիրված 61-րդ հոդվածը, որը, սակայն, սկզբունքային մի շարք հարցերում տարբերվում էր Սան Ստեֆանոյի 16-րդ հոդվածից, և դա` ի վնաս հայերի:
Այսպես, եթե Սան Ստեֆանոյի պայմանագրով բարեփոխումները Արևմտյան Հայաստանում պետք է իրագործվեին ռուսական զորքերի ներկայության պայմաններում, ինչը որոշակի երաշխիք էր դրանց իրագործման համար, ապա ըստ Բեռլինի համաձայնագրի` ռուսական զորքերը դուրս էին բերվում, և այդ խնդրի կարգավորումը թողնվում էր Թուրքիայի հայեցողությանը:
Նա միայն պարտավորվում էր պարբերաբար եվրոպական պետություններին հաղորդել իր ձեռնարկած քայլերի մասին: Վերջիններս պետք է իրականացնեին լոկ հսկողական գործառույթներ: Այլ կերպ ասած` Բեռլինի համաձայնագրով վերացվեց Արևմտյան Հայաստանում բարեփոխումների իրականացման համար Սան Ստեֆանոյի ստեղծած նախադրյալները: Բեռլինի վեհաժողովից հետո սուլթանը և օսմանյան կառավարող վերանախավն ավելի ամրապնդվեցին իրենց այն համոզման մեջ, որ Հայկական հարցի լուծման լավագույն լուծումը հայերին ոչնչացնելն է:
Նրանք այժմ դրա մեջ էին տեսնում կայսրության ներքին գործերին եվրոպական պետությունների միջամտությունից ազատվելու իրական ուղին, քանզի այդ տերությունները Հայկական հարցը, հայկական շրջաններում բարեփոխումների հարցը օգտագործում էին որպես պատրվակ` Թուրքիայի ներքին գործերին միջամտելու համար: Ուստի անհրաժեշտ էր վերացնել այդ պատրվակը և տերություններին զրկել կայսրությունից զիջումներ կորզելու հնարավորությունից: